Par rapport à la sauvegarde rsync sur un système de fichiers chiffré, la sauvegarde Pika Backup (basée sur Borg) a pour avantage de pouvoir se faire sur un système de fichiers en clair, et donc d'être beaucoup plus portable : tous les systèmes d'exploitation libres peuvent lire du ext4 en clair, tandis que même FreeBSD ne peut pas lire une sauvegarde chiffrée avec LUKS.
Comme Pika Backup repose sur Borg, même si l'interface graphique n'était pas portée pour un système d'exploitation quelconque, il serait possible de récupérer ses données (dans une situation d'urgence) avec la ligne de commande. Par exemple, si on ne disposait que d'une clé USB, d'une sauvegarde chiffrée, et d'un système d'exploitation sans connexion internet.
