Aaaah purée, ça fait 3 mois que je me tape des flatpak obsolètes car je ne savais pas comment les mettre à jour. C'est simplement flatpak update, et bam, ça met tout à jour.
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(Flatpak, je rappelle, est grosso modo l'équivalent des applications Android, mais sous Linux, et en plus décentralisé, de ce que j'en sais.)